Die beste Spezialeinheit der Initiative und der vier Sektoren. Ursprünglich wurde sie aus den Karvazhi gegründet, einer Sondereinheit der Kriegsmöche, um uralte Relikte und Stätten von großer Macht aufzuspüren, wie es Khanir einst tat. Im Laufe der Zeit wurde sie dann zu einer modernen, militärisch organisierten Spezialeinheit weiterentwickelt, um die bekannte Galaxie vor bekannten und unbekannten Gefahren zu beschützen. Der Name wurde vom mysteriösen Söldner Ghost abgeleitet, dessen Aktionen ein Musterbeispiel für die Gefahren waren, die die Gruppe künftig abwenden sollte.
Die Ghost Unit besteht aus den besten Soldaten und Spezialisten der besten Einheiten der Militärs aller Spezies der Initiative und darüber hinaus. Sie rekrutieren besondere Individuen, unabhängig von ihrer Herkunft. Sie sind in einzelne Squads unterteilt, Mannschaften aus bis zu vierzig Personen, die unter einem Commander auf einer Fregatte dienen und Missionen erfüllen. Koordiniert und geleitet wird die Organisation von Amaru Khan.
Sie unterhalten geheime Stützpunkte in jedem Sektor, doch das Hauptquartier ist der Tigerhort auf Dao Prime. Da sie von der Initiative und privaten Investoren finanziert werden, verfügen sie über die beste Ausrüstung, die es gibt. Sie sind in jeden Konflikt ivolviert, insbesondere jedoch in aktive Kämpfe wie den Lorganischen Krieg. Sie waren ein maßgeblicher Faktor für die vielen kleinen Erfolge, die den Sieg ermöglicht haben.
Obwohl Richard Sanders und Kendor Khan zu den bekanntesten Mitgliedern der Einheit zählen, ist die berühmteste Figur der Commander, Carter Sanders.
Die Gruppe war während des Hazkan-Krieges hauptsächlich mit dem Aufspüren und Vernichten der Synthoiden der Vindurer beschäftigt. Anschließend unterstützte sie die Initiative beim Vorstoß auf Nunak und war eine große Hilfe beim Sieg über Vindor. Nebenbei sorgten sie im Stillen dafür, dass keine anderen Gefahren sich von anderen Seiten nähern konnten. Nach dem Ende des Krieges beruhigte sich die Lage und Amaru Khan konnte seine Teams wieder häufiger nach alten Ruinen und Relikten suchen lassen.
