Unter all den verschiedenen Squads der Ghost Unit ist das Phantom Squad eines der berühmtesten innerhalb der Organisation. Gegründet wurde es von Richard Sanders kurz nach seinem Beitritt. Als er verschwand, verschwand auch ein Großteil dieser Einheit mit ihm. Dennoch wurde die Truppe erneuert und fiel unter den Befehl verschiedener Commander. Miles Daniels führte die Einheit am längsten und erhielt nach einigen Jahren die berüchtigte Renegade, die Phantom-Fregatte.
Auch Carter Sanders kam in die Einheit, die sein Großvater einst begründet hatte. Nachdem Daniels auf Filos getötet wurde, ging das Kommando an Cindy Taylor, die jedoch aufgrund ihres Charakters nicht zur Crew der Renegade passte. Nachdem sie während der Invasion der Erde getötet wurde, blieb die Gruppe ohne Anführer.
Als Carter offiziell zum Commander befördert wurde, erhielt er auch das Kommando über das Phantom Squad. Diese Einheit der Ghost Unit wurde zur Legende, als sie während des Hazkan-Krieges nicht nur das Buch des Wissens bargen, sondern auch die Angriffe auf Fohg, Modo und Nunak anführten. Sie waren es, die Lord Vindor besiegten und den Kampf beendeten. Außerdem waren es Vance und Roderick Tindall, die sich opferten, um die vier Sektoren vor dem Zorn der Hazkan zu bewahren.
Anschließend blieb das Team zusammen und führte Missionen in allen Sektoren aus. Als sie auf einer Reise nach Psilon auf fremdartige Aliens mit magischen Kräften trafen, brachten sie sie nach Dao Prime, bis Viking dort auftauchte. Angesichts der unbegreiflichen Gefahren und neuen Informationen betraute Amaru Khan den Commander und sein Team, der Sache auf den Grund zu gehen. So kam es, dass das Phantom Squad nach Ragnheim aufbrach und die Spectres dabei unterstützte, Narcos aufzuhalten.
Nach dem Ende dieses Konflikts wurden viele Mitglieder der Einheit abberufen, um an anderen Orten zu arbeiten, darunter Exo-Shane, Talanaki, Nidor, Syntax, Nick Chen und Kwax. Auch Kendor Khan verließ die Einheit, um eine persönliche Mission zu verfolgen. Die Zephyr, Nina Chevon und Nikki blieben jedoch gemeinsam mit vielen Crewmitgliedern an der Seite des Commanders und unterstützten die Spectres bei ihren Aufgaben.